世界は昼と夜の二つに分かれている。昼の世界の王」は「夜の世界の女王」と結婚し、パミーナという娘をもうけました。昼の王は死の直前、ザラストロに昼の世界の支配権を譲り、娘パミーナを養育するように頼みました。夜の女王はこれに対して怒り狂い、パミーナを取り返し、昼の世界の支配権をザラストロから奪取しようとしています。大蛇に襲われた王子タミーノは、夜の女王に仕える三人の侍女に助けられます。夜の女王は、ザラストロに娘パミーナを奪われたと嘆き、タミーノに娘の救出を頼みます。パミーナの絵姿を見て一目惚れしたタミーノは、ザラストロの神殿に赴きます。夜の女王に鳥を届けに来たパパゲーノもしぶしぶザラストロの神殿へ同行することになります。ザラストロの神殿までやって来た二人は、パミーナに会うことはできましたが、ザラストロの部下たちに見つかってしまいます。しかし、ここでタミーノはザラストロに信服し、パパゲーノと共にザラストロの神殿で修行することになります。ザラストロはパミーナにタミーノを愛することを認めますが、その愛を成就させるためには数々の試練が必要だと言います。沈黙の試練に耐えたタミーノはパミーナに会うことを許され、二人で火と水の試練の旅に出かけます。
１７９１年ウィーンで初演された「魔笛」は、当時から絶大な人気を博しました。この年だけで、上演回数は、２０回を越えたと言います。ストーリーは魔法の笛に導かれた王子タミーノが、数々の試練を乗り越えて夜の女王の娘パミーナと結ばれるというロマンスと、夜の世界を支配する女王が昼の世界を支配するザラストロに倒されるという話の二重構造です。しかし、なぜかモーツァルトは倒される側の夜の女王や試練を途中で逃げ出した鳥刺しパパゲーノ、あるいは横恋慕するモノスタトスに極めて魅力的な音楽を与えています。パパゲーノの軽快なアリア「おいらは鳥刺しパパゲーノ」、夜の女王が雷鳴と共に登場して歌う超絶技巧のアリア「恐れるな若者よ」「復讐の心は地獄のように」などはこのオペラの最高の聴きどころと言えるでしょう。「魔笛」は、ドラマの内容にも音楽にもたくさんの謎が秘められており、モーツァルト最晩年の最高傑作として、今日まで多くの人々に親しまれてきました。